En octubre de 2001, Jackson publicó el álbum Invincible, su primer trabajo discográfico en seis años. Antes del lanzamiento de este disco, el cantante realizó un concierto en el Madison Square Garden para celebrar su 30º aniversario como solista, pocos días antes de los ataques del 11 de septiembre. En esta ocasión apareció por primera vez desde 1984 junto a sus hermanos. El recital también contó con la participación d eotros intérpretes como Mýa, Usher, Whitney Houston, 'N Sync, Destiny's Child, Monica, Luther Vandross, y Slash, entre muchos otros.
Invincible debutó en la cima de las listas de éxitos de 13 países y vendió aproximadamente 13 millones de copias en todo el mundo. En los Estados Unidos fue certificado con "doble platino". Sin embargo, las ventas de Invincible fueron inferiores a las de sus anteriores trabajos y el artista se vio envuelto en una serie de conflictos con su casa de discos, Sony, ya que decidió suspender la promoción del disco a los dos meses de su publicación. De esta producción se desprendieron tres sencillos:"You rock my world", cuyo video musical contó con la presencia del actor Marlon Brando y del cómico Chris Tucker, "Cry" y "Butterflies".
En octubre de ese mismo año 2001, Michael completó su trabajo en el nuevo sencillo para fines benéficos , titulado "What more can I give", una respuesta a los actos terroristas del 11 de septiembre. Al igual que había hecho años atrás con "We are the world", grabó la canción con la participación de varios artistas y con las expectativas de alcanzar una recaudación de cincuenta millones de dólares para las familias de las víctimas de los ataques. Sin embargo, el sencillo no salió a la venta debido al abandono de Sony por parte de Jackson. En la grabación, de la que también hubo una versión en español, participaron entre otros Mariah Carey, Céline Dion, Tom Petty, Reba McEntire, Ricky Martin, Carlos Santana, Beyoncé Knowles (Destiny's Child), Nick Carter (Backstreet Boys), Aaron Carter, Mya, Luis Miguel, Gloria Estefan, Shawn Stockman (Boyz II Men), Shakira, Usher, Brian McKnight, Julio Iglesias, Luther Vandross, John Secada, Billy Gilman, Alejandro Sanz, Christian Castro, Olga Tañón, Anastacia, Juan Gabriel, Thalía, Ziggy Marley y 3LW. Jackson acusó de racista y mafioso al entonces presidente de Sony Music, Tommy Mottola, cuyo contrato fue rescindido escasos meses después, por no apoyar a los artistas afro-americanos. Sony se rehusó a renovar el contrato de Michaek por haberse negado a realizar una gira de conciertos en Estados Unidos prevista para 2002.
En 2002 nació el tercer hijo de Jackson, Prince Michael Jackson II. Según lo dicho por el cantante, el niño fue concenido mediante una inseminación artificial, utilizando su esperma y un vientre de alquiler. En noviembre de ese año el artista volvió a ser noticia cuando mostró a su hijo recién nacido a través del balcón del Hotel Adlon, en Berlín, cubriéndolo totalmente con una manta, actitud que resultó ser muy criticada en los medios de comunicaión. Jackson después dijo que este episodio fue un terrible error de su parte y pidió perdón por lo acontecid Sony publicó un álbum recopilatorio titulado Number Ones, en formato de CD y DVD. El mismo fue certificado como "disco de platino" en Estados Unidos, mientras que en el Reino Unido vendió más de un millón de copias.
